Керівництво Козятинського міськрайонного суду Вінницької області складає: голова суду , керівник апарату та  його заступник.

Організаційне забезпечення роботи суду здійснює його апарат, який очолює керівник апарату. Голова суду контролює ефективність діяльності апарату суду. Керівник апарату несе персональну відповідальність за належне організаційне забезпечення суду, суддів та судового процесу, функціонування автоматизованої системи документообігу, інформує збори суддів про свою діяльність.

Правовий статус та повноваження керівника апарату та його заступників визначається відповідними посадовими інструкціями, Положенням про апарат Козятинського міськрайонного суду Вінницької області та Законом України «Про судоустрій і статус суддів».

Організаційно – розпорядчу роботу суду забезпечують керівник апарату та його заступники, які здійснюють безпосереднє керівництво апаратом суду, забезпечують організованість та злагодженість у роботі відділів суду, працівників апарату суду, а також виконують інші повноваження, визначенні чинним законодавством України.

У процесі організаційно – розпорядчої діяльності на поточний рік формується та ведеться номенклатура справ, згідно з номенклатурою справ Козятинського міськрайонного суду Вінницької області.